رجا ناینگولان نخستین بازی ملی خود را در تاریخ ۲۹ مه ۲۰۰۹ برابر شیلی در رقابت‌های جام کیرین انجام داد. او نخستین گلش برای تیم ملی بلژیک، ملقب به شیاطین سرخ، را در تاریخ ۵ مارس ۲۰۱۴ در دیدار دوستانه‌ای که با تساوی ۲–۲ مقابل ساحل عاج به پایان رسید، به ثمر رساند. برای ادامه مطلب با سایت آرسنال همراه ما بمانید.
در جریان مسابقات مقدماتی یورو ۲۰۱۶ و زیر نظر سرمربی وقت، مارک ویلموتس، ناینگولان به عنوان یکی از بازیکنان کلیدی ترکیب اصلی بلژیک به میدان می‌رفت. او در تساوی خارج از خانه مقابل بوسنی و هرزگوین موفق به گلزنی شد و در پیروزی ۴–۱ برابر آندورا نیز نقشی تأثیرگذار داشت؛ نتایجی که سرانجام باعث شد تیم ملی بلژیک پس از ۱۶ سال حضور خود را در رقابت‌های یورو قطعی کند.